浮游菌采樣器作為一種高效的多孔吸式采樣器，是基于撞擊原理，將空氣中的微生物撞擊并“捕獲”到瓊脂培養基上進行培養計數。 采樣器的校準過程有兩種方法，即調整目標采樣時間和目標采樣流量，以滿足目標總采樣量的要求。

       方法一：將測得的流量值輸入采樣器，即修正實際流量值。 通過調整采樣時間，即使實測流量比預設流量差很多，仍能保證總采樣量的準確性。
       方法二：通過調整風機功率調整達到目標：采樣流量，即目標流量值調整。 該方法根據調整步驟進一步分為硬件調整和軟件調整。
       對于普通的大氣采樣器，方法一比較合適，因為它強調了累積采樣量的準確性。 但對于浮游菌采樣器來說，不僅采樣量很重要，采樣流量也很重要，因為它利用安德森沖擊原理將空氣中的浮游菌沖擊收集到瓊脂上進行培養計數。

       因為這個收集與顆粒大小和沖擊速度有關，但與采樣時間無關。 因此，如果采樣流量存在較大偏差（一般較小），即使方法一得到的最終采樣量準確，但由于沖擊速度不足，只能捕獲大顆粒，而漏掉小顆粒， 并且測量結果不準確。 準確，可能會造成很大的損失。

  一般來說，負載能力強的采樣器可以直接與傳統的氣體采樣器流量校準裝置連接檢測。 測試只能使用基于葉輪風速計或羅茨流量計原理的校準裝置進行，兩者各有利弊。